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對於宣稱能洗滌大腸的方法，腸胃科醫師態度保留。台灣消化系醫學會常務理事楊國卿表示，所謂大腸水療只是暫時清除腸中的糞便，然而糞便隨時都在形成，這類方法並無特殊治療效果，也可能影響腸內菌叢平衡。

國際研究也顯示「大腸水療」無法清除毒素或減肥。身體自有解毒與排除廢棄物的機制，不需往大腸灌進任何液體，這類宣稱能「洗滌」大腸，排除廢物的方法反而影響原先體內菌叢的平衡。

大腸水療無法對減重無助益。美國家庭醫學研究人員曾分析「大腸水療」的研究，並未發現顯著的醫療效益，反而曾有電解質不平衡、腎臟衰竭等不良反應的個案報告。醫師進一步指出，對健康的人來說，解尿、排便就是一種排毒，不需要大腸水療。

醫師提醒，大腸水療曾被用於改善便秘問題，但長期下來，對部分民眾可能導致無法自然排便等副作用。要減少大腸與有毒物質接觸，醫師指出，運動與適度增加纖維質攝取才是關鍵。

許多研究顯示，運動可以減少大腸癌的發生。缺乏運動的罹癌率較高。大腸癌的發生，與高脂、低纖維食物及缺乏運動有關。運動促進腸蠕動，加速糞便排泄，減少腸道與致癌物的接觸。

大腸水療也常被當成減肥的手段，但過度進行大腸水療，很可能發生電解質平衡問題，這些方法都無法真正減少體脂肪。

新光醫院肝膽腸胃科主治醫師劉玉華表示，醫學中沒有明顯定義宿便一詞，也沒有證實單純便秘會導致癌症；但是若民眾3日已尚未排便，會影響進食，在不得以下才會給予甘油灌腸，促進腸子蠕動將腸內糞便排出，恢復原有消化功能，進食也能正常，然而主動前往大腸水療，對健康沒有明顯效益。

排便會因為個人體質、飲食習慣、或情緒有不同方式，部分民眾一旦緊張便會刺激腸蠕動，也有人纖維攝取不足，而引起排便不順，不過大部分人的排便方式都是固定，若沒有造成不適，不需要特別灌腸清除糞便，也不會因為清洗大腸而促進健康，反倒維持良好飲食習慣，多吃蔬果增加腸子蠕動。

或許很多人認為，大腸癌與宿便有關，但目前沒有報告證實，癌症與宿便有直接相關，大多與息肉病變有關，當發糞便寫沾有血液、排便方式突然改變、糞便型態或形狀改變，就應該立刻就醫檢查，國健署提供糞便檢查外，也能藉由醫師找出便秘真正原因，就可避免危害風險。